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Arrêt maladie longue durée : que change le 15 octobre 2026 ?

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Léo Brosseau

5 min de lecture

Un décret du 16 septembre 2026 réduit à 1 an l'indemnisation d'un arrêt maladie longue durée dès le 15 octobre. Ce qui change pour l'employeur.

En bref : le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 réduit de 3 ans à 1 an la durée maximale de versement des indemnités journalières par l'assurance maladie pour un arrêt de travail lié à une affection de longue durée qui n'est pas prise en charge à 100 % (Légifrance, décret n° 2026-866, JO du 18/09/2026). La nouvelle règle s'applique aux arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026 (Code du travail numérique, ministère du Travail, publié le 18/09/2026). Pour un loueur de matériel qui emploie des techniciens, des caristes ou des livreurs, c'est la durée pendant laquelle un salarié en arrêt long continue de percevoir des indemnités journalières qui se resserre.

Un salarié en arrêt maladie longue durée est-il encore indemnisé après un an ?

Cela dépend du type d'affection. Si elle est reconnue « affection de longue durée » au sens des 3° et 4° de l'article L. 160-14 du code de la sécurité sociale, la durée maximale d'indemnisation reste fixée à 3 ans. Pour les autres arrêts de longue durée, non exonérants, elle passe à 1 an maximum à partir du 15 octobre 2026 (Légifrance).

Ce qui change

Qui est concerné

Les salariés en arrêt de travail pour une affection longue durée qui n'ouvre pas droit à une prise en charge à 100 % par l'assurance maladie (dite ALD non exonérante). Le décret modifie les articles R. 323-1, R. 323-3, R. 323-3-1, R. 331-2 et R. 147-6 du code de la sécurité sociale (Légifrance).

Qui n'est pas concerné

Les salariés dont l'affection de longue durée est prise en charge à 100 % (ALD exonérante, par exemple certains cancers ou le diabète) gardent une durée maximale d'indemnisation de 3 ans, inchangée (Code du travail numérique).

À partir de quand

La nouvelle durée d'un an s'applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, ainsi qu'aux arrêts déjà en cours à cette date mais qui n'ont pas encore atteint 6 mois de suspension. Un salarié déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 reste soumis à l'ancienne durée de 3 ans, en vertu des dispositions transitoires du décret (Légifrance ; Code du travail numérique).

Ce que ça change si vous pratiquez la subrogation

Si vous continuez à verser le salaire de votre technicien ou de votre chauffeur pendant son arrêt et que l'assurance maladie vous reverse directement ses indemnités journalières (subrogation), ce versement suit la même durée maximale que celle du salarié. Deux conditions encadrent la subrogation : le salaire doit continuer d'être versé en totalité ou en partie par l'employeur pendant l'arrêt, et le salaire maintenu doit être au moins égal au montant des indemnités journalières dues pour la même période (ameli.fr Entreprise, « La subrogation de salaire en cas d'arrêt de travail », mis à jour le 08/01/2026). Pour un arrêt non exonérant prescrit après le 15 octobre 2026, l'assurance maladie cessera donc de vous reverser des indemnités journalières au bout d'un an, contre trois ans auparavant.

Ce qui reste à confirmer

Ni le décret ni la fiche du ministère du Travail ne précisent si une convention collective ou un accord de branche peut prévoir un maintien de salaire complémentaire au-delà de la durée d'indemnisation par l'assurance maladie : la durée de maintien de salaire prévue par le code du travail ou votre convention collective reste un dispositif distinct, non modifié par ce décret. Vérifiez ce point auprès de votre expert-comptable ou de votre caisse de congés avant d'annoncer une date de fin d'indemnisation à un salarié concerné.

Où seven. peut aider

seven. ne calcule pas les indemnités journalières et ne remplace ni votre logiciel de paie ni votre expert-comptable pour ce sujet : le suivi de la durée d'indemnisation d'un arrêt maladie reste un sujet de paie. Ce que seven. peut suivre, c'est l'organisation autour de l'absence d'un technicien, d'un cariste ou d'un livreur : dates de début et de reprise prévues, réaffectation de ses tournées ou de son poste à un collègue le temps de l'arrêt, sans perdre la visibilité sur qui s'occupe de quoi pendant son absence. Si vous gérez aujourd'hui ces réaffectations sur un tableau à part, sans lien avec le planning du parc de matériel, le détail des offres permet de comparer avec ce que ça vous coûte en temps de recoupement.

FAQ

Un salarié en arrêt maladie longue durée perd-il toute indemnisation après un an ? Il perd l'indemnisation journalière versée par l'assurance maladie au titre de la durée dérogatoire, sauf si son affection est reconnue ALD exonérante (prise en charge à 100 %), auquel cas la durée maximale reste de 3 ans.

Le décret s'applique-t-il aux arrêts déjà en cours au 15 octobre 2026 ? Oui, sauf si l'arrêt a déjà dépassé 6 mois de suspension à cette date : dans ce cas, l'ancienne durée de 3 ans continue de s'appliquer.

Que se passe-t-il pour l'employeur qui pratique la subrogation ? L'assurance maladie cesse de lui reverser les indemnités journalières du salarié au terme de la nouvelle durée maximale, soit 1 an pour un arrêt non exonérant prescrit après le 15 octobre 2026.

Le maintien de salaire prévu par la convention collective est-il raccourci par ce décret ? Le décret ne le dit pas : il modifie uniquement la durée d'indemnisation par l'assurance maladie, pas les règles de maintien de salaire prévues par le code du travail ou une convention collective, qui restent un dispositif distinct à vérifier séparément.

Sources

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